富田 耕造 （とみた こうぞう）、1969年生
Principal Investigator
- 東京大学大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 RNA生物学分野 教授
- 構造生命科学連携研究機構/シンクロトロン放射光連携研究機構
〒277-8562
千葉県柏市柏の葉5-1-5 生命棟702
東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
Tel & Fax：0471-36-3611
Email：kozo-tomita{at mark}edu.k.u-tokyo.ac.jp
学歴
1993年03月 東京大学 工学部 工業化学科卒
1995年03月 東京大学大学院 工学系研究科 化学生命工学専攻 修士課程修了
1998年03月 東京大学大学院 工学系研究科 化学生命工学専攻 博士課程修了（渡辺公綱教授）
1998年03月 博士（工学）の学位取得 （東京大学）
職歴
- 1998年04月 東京大学大学院 農学系研究科 共同博士研究員 （正木春彦教授）
- 1998年10月 IBMP du CNRS （仏、Strasbourg）博士研究員（Laurence Marechal-Drouard博士）
- 1999年10月 Yale 大学 医学部 （米、New Haven）博士研究員 （Alan M Weiner教授）
- 2000年08月 Washington大学 医学部（米、Seattle）博士研究員 （Alan M Weiner教授）
- 2002年04月 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 研究員、助手
- 2004年04月 独）産業技術総合研究所 生物機能工学研究部門 研究員
- 2005年04月 同部門 機能性核酸研究グループ長 （～2010年3月）
- 2006年04月 東京大学大学院 新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻 客員連携准教授 （〜2011年3月
- 2007年10月 独）科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 「RNAと生体機能」(研究総括：野本明男教授）さきがけ研究員 兼任 （～2011年3月）
- 2010年04月 独）産業技術総合研究所 バイオメディカル研究部門 RNAプロセシング研究グループ長 （～2015年3月
- 2011年04月 東京大学大学院 新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻 客員連携教授 (～2015年3月)
- 2015年04月東京大学大学院 新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻 客員連携教授～2016年3月）
- 2015年04月 国立研究開発法人 産業技術総合研究所 バイオメディカル研究部門 RNAプロセシング特別研究チーム長（～2016年3月
- 2016年04月 東京大学大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 RNA生物学分野 教授
受賞等
● 2010年4月 文部科学大臣表彰 科学技術分野（研究部門）（本人）
「酵素反応の動的分子機構の構造的研究」
● 2008年12月 日本分子生物学会 第6回 日本分子生物学会三菱化学奨励賞 （本人）
「鋳型非依存的RNA合成酵素の進化・分子機構に関する研究」
(Mechanism and evolution of template-independent RNA polymerases)
● 2007年10月 茨城県科学振興財団 第17回つくば奨励賞 若手研究者部門 (本人)
「鋳型を用いないRNA合成酵素の分子構造基盤研究」
所属学会
査読雑誌
Nature, Cell, Nature Structural Molecular Biology, Nature Communications, Molecular Cell, Nucleic Acids Res., Science Advances, Structure, Communications Biology, Cell press Mult-Journal など
Editor
Review Editor for RNA Structure and Evolution Frontiers in RNA Research
主な発表論文（2024年3月）
Nature 4報、Science 2報、Cell 1報、Nature Structural Molecular Biology 1報、Nature Communications 4報、Nature Chemical Biology 1報、Cell Reports 1報、EMBO J 5報、Proceedings of National Academy Science 2報、Nucleic Acids Research 12報、Structure 7報 など
代表的な原著発表論文
● Yamashita, S., *Tomita, K.
Mechanism of U6 snRNA oligouridylation by human TUT1.
Nature Communications, doi.org/10.1038/s41467-023-40420-9, 2023
● *Ohira, T., Minowa, K., Sugiyama, K., Yamashita, S., Sakaguchi, Y., Miyauchi, K., Noguchi, R., Kaneko, A., Orita, I., Fukui, T., *Tomita, K., *Suzuki T.
Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance.
Nature, doi.org/10.1038/s41586-022-04677-2, 2022
● Yashiro Y, Zhang C, Sakaguchi Y, Suzuki T, *Tomita K.
Molecular basis of glycyl-tRNAGly acetylation by TacT from Salmonella Typhimurium.
Cell Reports, doi: 10.1016/j.celrep.2021.110130, 2021
● Yashiro Y, Sakaguchi Y, Suzuki T, *Tomita K.
Mechanism of aminoacyl-tRNA acetylation by an aminoacyl-tRNA acetyltransferase AtaT from enterohemorrhagic E. coli.
Nature Communications, doi: 10.1038/s41467-020-19281-z, 2020
● Yamashita S, Nagaike T, *Tomita K.
Crystal structures of the Lin28-interacting module of human terminal uridylyltransferase that regulates let-7 expression.
Nature Communications, doi: 10.1038/s41467-019-09966-5, 2019
● Taniguchi T, Miyauchi K, Sakaguchi Y, Yamashita S, Soma A, Tomita K, *Suzuki T.
Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis.
Nature Chemical Biology, doi: 10.1038/s41589-018-0119-z, 2018
● Yamashita S, Takagi Y, Nagaike T, *Tomita K.
Crystal structures of U6 snRNA-specific terminal uridylyltransferase.
Nature Communications, doi:10.1038/ncomms15788, 2017
● Takeshita D, *Tomita K
Molecular basis for RNA polymerization by Qβ replicase.
Nature Structural & Molecular Biology Vol.19, No2, pp229-237, 2012
● Takeshita D, *Tomita K
Assembly of Qβ viral RNA polymerase with host translational elongation factors EF-Tu and -Ts.
Proc Natl Acad Sci U S A. Vol. 107, No 36, pp15733-15738, 2010
● Toh Y, Takeshita D, Numata T, Fukai S, Nureki O, *Tomita K
Mechanism for the definition of elongation and termination by the class II CCA-adding enzyme.
EMBO J. vol. 28, No 21, pp3353-3365, 2009
● Toh Y, Numata T, Watanabe K, Takeshita D, Nureki O, *Tomita K
Molecular basis for maintenance of fidelity during the CCA-adding reaction by a CCA-adding enzyme.
EMBO J. Vol. 27, No 14, pp1944-1952, 2008
● Watanabe K, Toh Y, Suto K, Shimizu Y, Oka N, Wada T, *Tomita K
Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase.
Nature. Vol.449, No 7164, pp867-871, 2007
● Suto K, Shimizu Y, Watanabe K, Ueda T, Fukai S, Nureki O, *Tomita K
Crystal structures of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and its complex with an aminoacyl-tRNA analog.
EMBO J. Vol.25, No 24, pp5942-50, 2006
● *Tomita K, Ishitani R, Fukai S, Nureki O.
Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA sequence addition.
Nature. Vol. 443, No 7114, 956-960, 2006
● Tomita K, Fukai S, Ishitani R, Ueda T, Takeuchi N, Vassylyev DG, Nureki O.
Structural basis for template-independent RNA polymerization.
Nature. Vol. 430, No 7000, 700-704, 2004
● Okabe M, Tomita K, Ishitani R, Ishii R, Takeuchi N, Arisaka F, Nureki O, Yokoyama S.
Divergent evolutions of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure.
EMBO J. Vol. 22, No 21, pp5918-5927, 2003
● Li F, Xiong Y, Wang J, Cho HD, Tomita K, Weiner AM, Steitz TA.
Crystal structures of the Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme and its complexes with ATP or CTP.
Cell. Vol. 111, No 6, pp815-824, 2002
● Tomita K, Weiner AM.
Collaboration between CC- and A-adding enzymes to build and repair the3′-terminal CCA of tRNA in Aquifex aeolicus.
Science Vol. 294, No 5545, pp1334-1336, 2001
● Tomita K, Ogawa T, Uozumi T, Watanabe K, Masaki H.
A cytotoxic ribonuclease which specifically cleaves four isoaccepting arginine tRNAs at their anticodon loops.
Proc Natl Acad Sci U S A. Vol. 97, No 15, pp8278-8283, 2000
● Ogawa T, Tomita K, Ueda T, Watanabe K, Uozumi T, Masaki H.
A cytotoxic ribonuclease targeting specific transfer RNA anticodons.
Science. Vol. 283, No 5410, pp2097-2100, 1999
代表的な外部公的研究資金
●日本学術振興会 基盤研究（A）2023年度～2025年度 「高次生命現象を支配するRNA生合成因子の機能発現分子基盤 」（代表）
●日本学術振興会 基盤研究（A）2018年度～2021年度 「高次生命現象を制御する鋳型非依存的RNA合成酵素の構造と機能」（代表）
● 日本学術振興会 新学術領域研究 ノンコーディングネオタクソノミ 2014年度～2018年度「ncRNA作動エレメントの配列構造の同定」(計画研究 分担)
●日本学術振興会 基盤研究（A）2014年度～2016年度 「RNA合成酵素複合体分子構造進化基盤」（代表）
●日本学術振興会 最先端研究開発支援 次世代研究開発支援プログラム(NEXT) 2010年度～2013年度「RNA合成酵素の反応制御分子基盤（代表）
●日本学術振興会 基盤研究（A）2010年度～2013年度 「RNA合成酵素複合体の機能構造解析」（代表）
●科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 さきがけ 2007年度～2010年度「RNA末端合成プロセス装置の分子基盤」（代表）
●日本学術振興会 若手研究（A）2005年度～2007年度 「鋳型非依存的RNA合成酵素の分子機構、進化の分子的基盤研究」（代表）